En los enfrentamientos con equipos ecuatorianos por Copa Libertadores el Ciclón lleva diez presentaciones con cuatro victorias, tres derrotas y tres igualdades. San Lorenzo anotó once tantos y recibió de sus rivales doce.
EDICION 1988
Fase de Grupos
Barcelona (V): 0-2
Filanbanco (V): 2-1 (Ortega Sánchez y Ferreyra)
Barcelona (L): 2-1 (Giunta y Ferreyra)
Filanbanco (L): 2-0 (Ahemed y Ferreyra)
EDICION 1992
Octavos de Final
Deportivo Valdez (L): 2-0 (Gorosito, 2)
Deportivo Valdez (V): 0-2 (San Lorenzo avanzó por penales 6-5)
EDICION 2002
Fase de Grupos
El Nacional (L): 1-1 (Acosta)
El Nacional (V): 0-3
EDICION 2008
Cuartos de Final
Liga de Quito (L): 1-1 (A. González)
Liga de Quito (V): 1-1 (Bergessio)(San Lorenzo quedó eliminado por penales 3-5)
